AlphaFold3でタンパク質と分子の相互作用の予測が可能に

AlphaFold2の登場は、タンパク質とその相互作用の構造モデリングに革命をもたらし、タンパク質のモデリングと設計における膨大な応用を可能にした。この度、タンパク質、核酸、低分子、イオン、修飾残基を含む複合体の結合構造を予測できる、拡散ベースのアーキテクチャを大幅に更新したAlphaFold 3モデルが発表された。新しいAlphaFoldモデルは、従来の多くの専門ツールよりも大幅に精度が向上している。タンパク質-リガンド相互作用の予測精度は最新のドッキングツールよりもはるかに高い。タンパク質-核酸相互作用の予測精度についても核酸特異的予測ツールよりはるかに高く、抗体-抗原の予測精度はAlphaFold-Multimer v.2.37よりも大幅に高くなっているという。こうして、単一の統一されたディープラーニングフレームワークで、生体分子空間全体にわたる高精度モデリングが可能になったとされる。

Abramson, J., Adler, J., Dunger, J. et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3. Nature 630, 493–500 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w

開発チームの研究者たちは、相互作用をモデル化できるAlphaFold3の能力は、生物学的過程の理解を促進し、また薬剤開発の助けにもなると考えているという。

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